肺炎支原体感染发病初期，多数患儿会出现咽痛、头痛、发烧、咳嗽和乏力等。两三天后，呼吸道症状会逐渐明显。症状高峰时，患儿咳嗽症状明显，尤其是夜晚，痰可能黏稠或脓样，呼吸急促和胸痛也可能随之而来。整个病程持续2到3周。恢复阶段，患儿发热等症状明显好转，但咳嗽可能会持续时间较长，有的可达1至2月，随着治疗和时间的推移，症状逐渐消失。